普通は Console から該当の警告メッセージを選択知ればヒエラルキーで missing の場所にジャンプできますが以下のようスタックトレースがネイティブな出力で対象のオブジェクトにジャンプできない & ヒエラルキー上をいくら探しても警告が出ていない場合、プロジェクト内のプレハブに問題がある可能性があります（特に（Unknown）となってる場合）
The referenced script (Unknown) on this Behaviour is missing! 0x00007ff6ae3a31fd (Unity) StackWalker::GetCurrentCallstack 0x00007ff6ae3a9f59 (Unity) StackWalker::ShowCallstack 0x00007ff6af2ed203 (Unity) GetStacktrace 0x00007ff6af96ea6d (Unity) DebugStringToFile 0x00007ff6ae33e5d0 (Unity) SerializableManagedRef::RebuildMonoInstance 0x00007ff6ae33e8c0 (Unity) SerializableManagedRef::RebuildMonoInstanceFromScriptChange 0x00007ff6ae26d593 (Unity) ManagedMonoBehaviourRef::RebuildMonoInstanceFromScriptChange 0x00007ff6ae33f537 (Unity) SerializableManagedRef::SetScriptingDataFrom 0x00007ff6af15ac30 (Unity) MergePrefabChanges 0x00007ff6af143f36 (Unity) MergePrefabInternal 0x00007ff6af141f55 (Unity) MergeAllPrefabInstancesDuringLoad 0x00007ff6adfd9362 (Unity) LoadSceneOperation::CompleteAwakeSequence 0x00007ff6adfd9ee2 (Unity) LoadSceneOperation::CompletePreloadManagerLoadSceneEditor 0x00007ff6adfdaa8b (Unity) LoadSceneOperation::IntegrateMainThread 0x00007ff6adfde681 (Unity) PreloadManager::UpdatePreloadingSingleStep 0x00007ff6adfdec5f (Unity) PreloadManager::WaitForAllAsyncOperationsToComplete 0x00007ff6af187dae (Unity) EditorSceneManager::RestoreSceneBackups 0x00007ff6aeea9c35 (Unity) PlayerLoopController::EnterPlayMode 0x00007ff6aeeb8d8a (Unity) PlayerLoopController::SetIsPlaying 0x00007ff6aeebbf31 (Unity) Application::TickTimer 0x00007ff6af2f33ca (Unity) MainMessageLoop 0x00007ff6af2f7beb (Unity) WinMain 0x00007ff6b0603ae2 (Unity) __scrt_common_main_seh 0x00007fff8acc7034 (KERNEL32) BaseThreadInitThunk 0x00007fff8b2a2651 (ntdll) RtlUserThreadStart
プロジェクト内のプレハブからスクリプトが消えていると上記表示になるため
この場合このプレハブを編集モードにして
無くなっているスクリプトをプレハブから取り除くことで警告が消える & プレハブのヒエラルキーの表示が元に戻ります。
慌てて色々削除したりすると変になるため、落ち着てい編集モードで確認しましょう。
短いですが以上です。
